Fagocytóza je kľúčový proces v prirodzenom imunitnom systéme . Je to jedna z prvých línií obrany proti infekcii, zároveň môže aktivovať odpoveď adaptívneho imunitného systému . Hoci je fagocytózy schopná väčšina bunkových typov, niektoré bunkové typy vykonávajú fagocytózu ako časť svojej hlavnej funkcie. Tieto sa nazývajú "profesionálne fagocyty." Fagocytóza je evolučne starý proces, nachádza sa už pri bezstavovcoch.
Fagocytózou sa niektoré jednobunkové organizmy živia. Príkladom môžu byť koreňonožci, z ktorých najznámejšia je vďaka tejto schopnosti meňavka (amoeba). V tele mnohobunkových organizmov je fagocytóza používaná ako prostriedok obrany proti patogénnym mikroorganizmom alebo sa týmto spôsobom odstraňujú cudzorodé častice a vlastné bunky zaniknuté procesom apoptózy (prestarlé a poškodené bunky a ich zvyšky). Na túto činnosť sú v imunitnom systéme vyčlenené špecializované bunky fagocyty ( makrofágy a neutrofilné granulocyty).