Respiračná kontrola → pomer NADH / NAD+
pokračovaním krebsovho cyklu je dýchací reťazec, pri ktorom dochádza k reoxidácii redukovaných kofaktorov. Ak sa hromadí NADH + H+ a FADH 2 (rastie pomer NADH / NAD+), inhibuje α-ketoglutarátdehydrogenáza a isocitrátdehydrogenáza.
Energetická kontrola → Pomer ATP/ADP + AMP
ak je dostatok energie, inhibuje sa α-ketoglutarátdehydrogenáza a isocitrátdehydrogenáza prostredníctvom ATP a súčasne sa aktivijú ADP a AMP.
Substrátová kontrola
ku kontrole substrátov krebsovho cyklu dochádza na úrovni citrátsyntázy, ktorá produkuje toľko citrátu, koľko jej dodáme oxaloacetátu a acetyl-CoA. Aktivita Krebsovho cyklu taktiež súvisí s dostupnosťou O2. Aj napriek tomu, že žiadna z reakcií v cykle nevyžaduje priamo kyslík, je potrebný pre respiračný reťazec, pretože slúži ako finálny akceptor elektrónov. V respiračnom reťazci sa reoxidujú:
Ak bunke chýba kyslík, klesá koncentrácia NAD + a FAD a následne sa zníži aj aktivita Krebsovho cyklu.