Mikrobiálne prostredie v žalúdku
Historicky prevládal názor, že žalúdok bol v podstate sterilný kvôli svojmu kyslému prostrediu. S objavom H. pylori je však teraz známe, že žalúdok môže podporovať bakteriálnu komunitu so stovkami typov. Kyslé prostredie prostredie nie je schopné žalúdok sterilizovať úplne, pokiaľ hodnote nie sú pH < 4. Žalúdok je spolu s pažerákom a dvanástnikom najmenej kolonizovanou oblasťou GI traktu, čím sa zvyšuje záujem o úlohu baktérií v zdraví a chorobe žalúdka. Žalúdok vylučuje žalúdočnú šťavu zloženú najmä z proteolytických enzýmov a kyseliny chlorovodíkovej, čím poskytuje prostredie potrebné na denaturáciu bielkovín a uľahčuje vstrebávanie živín. Žalúdočná kyselina tiež obmedzuje množstvo mikroorganizmov vstupujúcich do tenkého čreva a znižuje riziko infekcie patogénmi. Zatiaľ čo lúmen ľudského žalúdka má pH 1-2, vrstva hlienu vytvára pH gradient, ktorý zvyšuje pH na 6-7 na povrchu sliznice. Vrstva hlienu, ktorá pozostáva z niekoľkých mucínov, tvorí dve podvrstvy, vnútornú vrstvu hlienu, ktorá je pevne pripojená k epitelu, a premenlivú vrstvu hlienu, ktorá je prepojená s lúmenom.
Pre pochopenie dynamiky žalúdočnej mikrobioty je potrebné zvážiť miesto ich izolácie. Baktérie a bakteriálna DNA, ak sú izolované zo žalúdočnej šťavy, ktorá tvorí impozantnú bariéru pre väčšinu bakteriálnej kolonizácie, sa líšia od bakteriálnych izolátov priľnutých na sliznici. Ten predstavuje pohostinnejšie prostredie pre kolonizáciu. Počas abnormálnych alebo chorobných stavov môže byť táto rovnováha narušená. Zníženie sekrécie žalúdočnej kyseliny zvyšuje riziko bakteriálneho premnoženia a ovplyvňuje aj zloženie črevných alebo orálnych mikroorganizmov, vrátane tých, ktoré spôsobujú ochorenie a tých s nitrozačnou schopnosťou, ktoré nie sú pravidelne kultivované z normálneho zdravého žalúdka.